Der Fischotter gehört zu den am stärksten bedrohten Säugetierarten Mitteleuropas. Ein wesentlicher Grund hierfür ist seine früher übermäßige Bejagung. Sein Fleisch galt lange Zeit als Delikatesse und Fastenspeise. Als vermeintlicher Fischdieb und wegen seines begehrten Felles wurden zu Beginn des 20. Jahrhunderts jährlich bis zu 10.000 Fischotter erlegt. Bis Ende der 1950er Jahre war der Fischotter in Deutschland fast ausgerottet.
Noch heute zeugen einige Ortsnamen von seinem reichen Vorkommen, z.B. Otterndorf und Ottersberg in Niedersachsen, die wie die Gemeinde Grambek in Schleswig-Holstein den Fischotter auch in ihrem Wappen führen.
Obwohl der Fischotter seit Ende der 1960er Jahre nicht mehr bejagt werden darf und er keine nennenswerten natürlichen Feinde hat, ist er nach wie vor vom Aussterben bedroht. Die Hauptursache hierfür liegt heute in der Zerstörung seines Lebensraumes.
Durch Gewässerausbau, Versiegelung und Begradigung, durch intensive Pflege von Fließgewässern, Trockenlegung von Feuchtgebieten, großräumiges Abholzen von Ufervegetation, Zersiedelung der Landschaft sowie durch Industrie und intensive Landwirtschaft findet der Fischotter immer weniger störungsfreie Rückzugsmöglichkeiten.
Auch die zunehmende Gewässerverunreinigung durch polychlorierte Biphenyle und andere Umweltgifte stellt eine erhebliche Gefährdung dar. Für die Wasserlebewesen können hieraus lebens- und bestandsbedrohliche Krankheiten wie beispielsweise Unfruchtbarkeit folgen. Durch Anreicherungen in Fischen und anderen aquatischen Lebewesen, die dem Fischotter als Nahrungsgrundlage dienen, wird so auch der Fischotter geschädigt.
Eine weitere Gefährdungsursache ist der immer weiter 
fortschreitende Ausbau des Straßenverkehrs. Verkehrswege zerschneiden Lebensräume, engen sie ein und unterbinden die Wanderung zahlreicher Tierarten wie dem Fischotter. Dreiviertel der in Deutschland tot aufgefundenen Fischotter kommen durch Straßenverkehr ums Leben. Mehr als zwei Drittel der Unfälle ereignen sich im Nahbereich (100 m) von Gewässern oder Feuchtgebieten. Allein zwischen 2006 und 2008 kamen 8 Fischschotter in Schleswig-Holstein durch den Straßenverkehr ums Leben.
Der an Gewässer gebundene Fischotter legt auf der Suche nach Nahrung oder neuen Revieren in einer Nacht bis zu 20 Kilometer zurück. Häufig stößt er dabei auf enge Brücken, die er nur unterquert, wenn sie ihm die Möglichkeit bieten, die Brücke trockenen Fußes zu unterqueren. Enge Durchlässe, die nur schwimmend passiert werden können, nimmt er in der Regel nicht an. Diese Bauwerke bergen ein hohes Gefahrenpotential, da sie den Otter zum Verlassen des Gewässers und zum Überqueren des Verkehrsweges zwingen. Deshalb ist es wichtig, straßenbaubedingte Barrieren durch artgerechte Schutzmaßnahmen zu minimieren. Bei neuen Bauvorhaben kann die Durchgängigkeit für Wildtiere schon im Planungsprozess berücksichtigt werden. Bei bereits bestehenden Bauwerken können nachträgliche Maßnahmen wie die Einbringung von Otterbermen oder der Bau von Trockentunneln einen Beitrag zum Schutz des Fischotters und anderer Wildtiere leisten.
Neben dem Straßenverkehr stellt auch die Reusenfischerei eine Gefahrenquelle für den Fischotter dar. Durch die in den Reusen gefangenen Fische wird der Otter angelockt. Viele Reusen sind mit Führungsnetzen versehen, welche die Fische, wie auch den Fischotter zum Reuseneingang leiten. Da sich die Reusen meist vollständig unter Wasser befinden, ertrinken die Otter, wenn sie hineingeraten. Während früher die Reusen aus Naturfasern wie Baumwolle oder Hanf gefertigt wurden, aus denen sich die Fischotter durch Zerbeißen befreien konnten, ist dies bei den heute üblichen synthetischen Netzmaterialien nahezu unmöglich. Um diesem Problem zu begegnen und ein Einschwimmen der Otter in die Reusen zu verhindern, ist der Einsatz von otterfreundlichen Reusen zu empfehlen.
Eine weitere Beeinträchtigung für den Fischotter stellt auch der nicht gelenkte Erholungsverkehr und Massentourismus dar.
Aufgrund der zahlreichen Gefahren, denen der Fischotter ausgesetzt ist, sind erhebliche Maßnahmen zu seinem Schutz notwendig, will man eine dauerhafte Besiedlung Schleswig-Holsteins erreichen.
Foto: überfahrener Otter: J. Choinovski
